Nel 1524 Alberto Cafara ultimo dei cavalieri napoletani che aveva l’isola in enfiteusi rinunciò al suo incarico, e di ciò ne approfittò la casata Farnese. Nel 1542 Papa Paolo III (Famiglia Farnese) nominò titolare dell’abbazia di Santa Maria di Ponza suo nipote, il Cardinale Alessandro (Farnese). Il Cardinale aveva il potere essendo il titolare, di concedere l’arcipelago in enfiteusi o in feudo a terzi. La concessione dell’arcipelago come feudo, venne eseguita dal cardinale in favore di suo padre Pier Luigi Farnese, già nominato dallo figlio: Capitano generale delle truppe pontificie, incaricato di sorvegliare la costa, Confaloniere di Santa Romana Chiesa, duca di Castro e nel 1545 per successione Duca di Parma.

Sotto la gestione farnesiana furono continuati anche da papa Carlo V i privilegi accordati alcune centinaia di anni prima da Sisto IV, durante il periodo del fervente monachesimo nelle isole Pontine. Oltre ai già noti privilegi vennero assicurati ai ponzesi, anche il privilegio di non poter essere giudicati e arrestati se non reo confessi, e che tutti coloro che avessero cercato asilo sull’isola giovavano della grazia per qualsiasi reato avessero commesso. Tutti questi privilegi vennero denominati “Privilegi Farnesiani”, ed avevano come caratteristica l’assoluta mancanza di scrupoli da parte delle autorità pur di mantenere l’isola popolata. Purtroppo i privilegi dati agli isolani furono un arma a doppio taglio. La mancanza di un autorità giuridica, di un garante della legalità, e le continue scorrerie dei pirati, furono motivo per cui l’isola non riuscì mai decollare economicamente, essendo purtroppo solo popolata da malviventi, più abituati a imbrogliare e rubare che a produrre e lavorare.

La gestione dell’isola iniziò con obbiettivi difficili da raggiungere. L’impresa maggiore era rappresentata dai pirati (Vedi la sezione “L’epoca dei pirati”) e poi dalla bassa lega di cui erano fatti gli abitanti dell’isola, che remdevano l’isola ingestibile. Il periodo storico sfavorevole, e le scelte non felici dei Farnese, lasciano come memoria all’isola solo i “Privilegi farnesiani”.

La dominazione farnesiana durò fino alla prima metà del XVIII secolo. La discendenza Farnese si avviava verso un interruzione della discendenza maschile e l’instabile situazione politica internazionale, portò il piccolo ducato di Parma a dover concordare la succesione. Con il trattato di Londra del 1718: Inghilterra, Francia, Olanda e L’impero Austriaco, stabilivano che , in caso di interruzione della discendenza maschile, la successione spettava al discendente di Elisabetta Farnese, seconda moglie di Filippo V di Spagna, e cioè Carlo di Borbone.

Il 20 gennaio 1731 Carlo di Borbone diventa re di Napoli e tre anni dopo, il 15 giugno 1734 acquisisce ogni diritto sulle proprietà de Farnese, comprese le Isole Ponziane, che passano integralmente ai Borbone. Il periodo borbonico segnò il passaggio da feudo farnesiano, a patrimonio privato borbonico.

Con i Borboni le isole dopo secoli di miseria, violenza e spopolamento, vivono un periodo sociale tranquillo ed economicamente più redditizio. Le ragioni dello sviluppo erano: la politica borbonica che realizzo opere sulle isole, lo sviluppo dell’attività cantieristica aiutata dalla presenza di boschi sulle colline, e non poco importante; la diminuzione dell’attività dei pirati nei dintorni dell’isola che consentì di sviluppare l’attività peschereccia e la raccolta del corallo.

Il regno di Carlo III durò 24 anni, e quando il 6 ottobre 1759 diventò re di Spagna cedette il trono al figlio Ferdinado IV di Napoli, che come titoli aveva anche il “III di Sicilia e I delle due Sicilie”. L’obbiettivo del nuovo re era di continuarte a fare delle isole pontine delle floride colonie. Venne programmato, un piano di interventi pubblici da affidare al Maggiore Antonio Winspeare con la collaborazione dell’architetto Francesco Carpi , consentendo così di portare a termine la politica del ripopolamento sostenendo uteriormente la crescita economica da rendere le isole quasi autosufficienti.

Per incentivare il ripopolamento dell’isola i Borboni concessero in enfiteusi perpetua la terra ai contadini, il numero di questi ultimi era molto esiguo, e come ulteriore incentivo, ai nuovi coloni venne concesso di costruire delle piccole abitazioni a spese delle casse reali. Inoltre gli attrezzi per lavorare venivano acquistati dal governo per poi essere venduti ai contadini che li avrebbero pagati in comode rate. Cosa sicuramente eccezzionale per l’epoca.