E’ stato accertato che la presenza dell’uomo sulle isole pontine risale al 5000 a.C.. Numerosi rinvenimenti preistorici nella zona di Sabaudia e San Felice Circeo (Latina) hanno anche dimostrato la provenienza isolana dell’ossidiana, roccia usata per fabbricare utensili ed armi, che è differente rispetto ad altre ossidiane presenti in italia.
La ragione per cui si spinsero fino all’arcipelago, crea nell’ambiente degli storici e degli archeologi qualche turbolenza teorica. Negli anni, le teorie più accreditate che giustificano la presenza di ossidiana dell’arcipelago fin nel nord italia; sono due. Una posiziona nel neolitico le attuali isole come semplici montagne e colline attaccate al Circeo causa la “regressione” delle acque del tirreno, mentre la seconda fatta da pochi anni a questa parte, afferma che Ponza già in antichità godesse di scambi commerciali anche se sporadici, con la terra ferma. Questi scambi venivano effettuati con imbarcazioni o zattere di piccolo cabotaggio. Comunque sia andata, alcuni di questi uomini si stanziarono nella zona che oggi ha le sembianze di un arcipelago, dando vita a piccolissime comunità di cui non vi è quasi più traccia. Purtroppo quì finisce l’epoca preistorica dell’isola, perchè anche se Ponza ha una storia di colonizzazione ed evolutiva dal punto di vista sociale che risale a tempi antichissimi, purtroppo la distruzione causata dalle colonizzazioni successive proprio per l’esiguità del territorio a disposizione, che costringeva i nuovi arrivati a costruire sulle macerie di chi veniva scacciato o semplicemete sostituito; ha lasciato pochissime traccie del suo passaggio. Al momento quindi, non sappiamo se l’isola è stato frutto di colonizzazioni preistoriche vere e proprie, ma la presenza dell’uomo è certa

Altre colonizzazioni più o meno durevoli interessarono l’isola.

I primi colonizzatori dell’epoca post-preistorica di cui si ha traccia sono gli Aurunci che vi si stanziarono intorno al 1500 a.C. ma le loro tracce sono scomparse così come per gli Etruschi. Non ci sono scritti o altro che consentono di sapere se gli Aurunci o gli Etruschi quando arrivarono sull’isola trovarono degli abitanti, o la strapparono a colonizzatori arrivati prima di loro.

La seconda colonizzazione avvenne per opera dei fenici (XII-XI sec a. C.). Ottimi navigatori e commercianti usarono l’isola come punto di un appoggio nel Tirreno, che con fonti di acqua, alberi da frutta e da legno oltre al mare pescoso consentiva alle navi di fare rifornimento e di sostare lontano dalle coste che potevano comunque far parte di piccoli regni più o meno favorevoli all’arrivo del commercio fenicio. Adatta per fare provviste di acqua e cibo per i lunghi viaggi di ritorno in terra fenicia, e per tenere al riparo le navi in caso di tempesta l’arcipelago diventò tappa fissa.

Una importante colonizzazione invece fu quella dei greci (VIII-VII sec. a. C.) che hanno lasciato delle tracce importanti come: delle necropoli nella zona dei guarini e del bagno vecchio ed un piccolo acquedotto poi ingrandito dai romani in zona le Forna e tutti ancora in buono stato. Quasi irriconoscibili invece, sono i resti di abitazioni. Visibile ancora è il porto del bagno vecchio. La durata della presenza greca sull’isola fu strettamente legata allo splendore della loro civiltà.

Con il declino della civiltà greca l’interessamento per l’arcipelago andò man mano scomparendo lasciando l’isola nelle mani dei Volsci. Con l’arrivo dei Volsci inizia una colonizzazione più militare che commerciale. L’isola venne definita dagli storici popolosa per l’epoca, ed anche i Volsci trovarono non poche difficoltà a tenere a bada una popolazione di arabi e greci stanziali sull’isola da decenni. Trasformatisi da contadini in esperti navigatori e guerrieri, i volsci avevano mire espansionistiche anche sull’arcipelago come punto avanzato di difesa nel tirreno centrale, basti pensare che per anni contesero la sovranità al piccolo ed allora nascente Impero Romano, ma al contrario di questi ultimi della loro secolare presenza sull’isola vi sono pochissime tracce. Infatti l’unica testimonianza storica sono delle mura ciclopiche erette dove attualmente si trova il cimitero e visibili dal mare.