Ponza e l’arcipelago passarono colonia romana nel 312 a. C. quando oramai il fiorente e potente impero romano si accordò con i volsci creando una colonia alleata. Libera ed indipendente da Roma, essendo popolata anche da magistrati e militari romani, l’isola godeva anche di una certa autonomia politica definita da un trattato che fissava diritti e doveri. I romani avevano intuito non solo l’importanza strategica ma anche quella economica dell’arcipelago. L’isola infatti nel 209 a. C. durante la seconda guerra punica fu una delle 18 colonie su 30 che fornì per sostenere l’impero nel conflitto : navi, uomini e ricchezze. Tutti questi privilegi non vanno confusi come Optimo jure (Cittadinanza romana), ma consentirono comunque di ottenere degli sgravi fiscali fino all’89 a.C. quando a seguito della guerra interna scatenata dai popoli italici contro Roma, divenuti oramai schiavi e non più alleati; anche Ponza acquisiva la cittadinanza romana, per renderla definitivamente un punto strtegico fondamentale per l’impero nel mar Tirreno centrale.

Una volta acquisita la cittadinanza romana, Ponza si sviluppo enormemente diventando una fiorente e popolata cittadina che ospitava numerose e sfarzose ville patrizie. Nonostante la trasformazione in luogo di esilio per illustri personaggi politici, da parte dell’imperatore Augusto, l’isola diventò meta turistica anche per i patrizi romani e per l’imperatore stesso, che fece costruire un enorme villa con annesso tempio ( Le grotte di Pilato) nella zona di punta Madonna. Inoltre l’imperatore fece costruire diversi acquedotti (Il più grande arriva dalle forna fino a S. Maria), dighe e numerosi serbatoi idrici (Piscinae Limariae). Questi ultimi di notevoli dimensione assieme ad alcune piccole fonti di acqua sorgiva, servivano al fabbisogno degli abitanti dell’isola, al rifornimento di navi mercantili ed al rifornimento della intera flotta romana. Il fabbisogno di acqua fece appunto nascere la necessità di costruire dei serbatoi ed alcuni di essi erano di dimensioni notevoli. Ci fu un grande lavoro di ricerca e studio per scegliere la posizione dove costruire questi serbatoi. Molte di questi si trovano nella zona meridionale dell’isola sopratutto per la presenza del porto allora ubicato a S. Maria, ma probabilmente anche perché la conformazione geomorfologica particolarmente ricca di gole con canali più o meno naturali, adatti per la raccolta dell’acqua, avrebbe reso più facile l’insediamento urbano. Importante fu anche l’opera portuale che venne creata nella zona di S. Maria, l’imboccatura del porto era posizionata dove attualmente vi è la spiaggia, e raggiungeva l’interno fino alla depressione che è racchiusa tra le attuali via Pezza e via Staglio. Oggi l’aspetto della zona è completamente cambiato, infatti i primi monaci presenti sull’isola trovarono in quella zona un enorme bacino idrico chiuso verso il mare da una enorme battigia che probabilmente negli anni e avanzata fino a chiudere la baia. Oggi vi sono invece: case, strade, canneti, terreni coltivati ed inseriti nel paesaggio urbano: reperti archeologici.

Sull’isola si sviluppò anche l’attività cantieristica, che godeva della facilità di reperire legname dai rigogliosi boschi di pino e querce presenti nell’arcipelago, purtroppo questo portò alla prima grande deforestazione. Si sviluppò anche un vero e proprio traffico marittimo infatti sull’isola venivano comprate e vendute ogni genere di mercanzie, ed inoltre la popolazione crebbe incredibilmente fino ad arrivare a quasi 20.000 abitanti.

Con il declino dell’impero romano, anche l’interesse verso le isole iniziò ad affievolirsi e l’arcipelago iniziò a vivere di vita propria. Gli ultimi stralci di un epoca oramai sorpassata, si manifestavano nel possesso di Ventotene, mantenuto per pochi anni ancora dall’imperatore di oriente; come base logistica avanzata e porto verso l’occidente.